与第一款宝可梦游戏Pokémon GO的AR玩法，和第二款宝可梦游戏《宝可梦大探险》的动作冒险都不同，《宝可梦大师》玩法更加接近正统的“收集宝可梦再对战”的机制，不过在玩法设计上进行了一定的创新。
具体而言，《宝可梦大师》中训练师每人只携带一只宝可梦，形成固定的“拍组”。而且玩家需要在旅程上结识其他训练师，使其加入队伍中。战斗也不再是1v1，而是3v3，并且战斗过程也从回合制改为了实时回合制，宝可梦需要消耗随时间增长的招式槽，才能够发动特殊技能，玩家和宝可梦还能发动发动威力更为巨大（有特写动画镜头）的“拍组招式”。剧情方面依旧比较简单，玩家参加在一个帕希欧岛上的“世界宝可梦大师赛”，击败来自全球的训练师。
在之前的介绍文章，由于弱化精灵球，引入训练师和宝可梦关系一对一绑定，导致玩家想要特定宝可梦必须将训练师纳入队伍中，GameLook也把这一形式理解为“不抓宝可梦改抓人”。据了解，“抓人”的点子来自于宝可梦系列研发商GAME FREAK艺术总监杉森建。
根据DeNA制作人佐佐木悠的说法，采取3v3战斗的原因在于喜欢使用各种类型的伙伴，以及延伸宝可梦战斗的策略。
看来，《宝可梦大师》最大的意义在于进一步从单人对抗到队伍对战，让玩家收集培养角色投入增大，增加了IP改编手游的商业潜力，同时也打开了训练师这个新的收集维度，既激发玩家基于强度收集角色、也激发了玩家基于爱收集角色的动力，这一做法在卡牌手游中体现地最为明显。
其实由GAME FREAK自己研发的上一款宝可梦手游《宝可梦大探险》，已经可以看到队伍对战的影子，只不过由于玩法更多向RTS迁移，而不是在传统宝可梦玩法上改良，因此对粉丝带来的冲击感没有那么强。
不知有意还是巧合，此次让宝可梦成为训练师的“伙伴”而非“工具梦”，也暗合此前粉丝中间流传的一个梗，即反派火箭队把宝可梦喵喵当“人”，而主角们反而把宝可梦当“宠物”。如今宝可梦地位提升，似乎也可以看作是GAME FREAK与玩家交流的一个示好动作。
不过，对于新作，宝可梦玩家表现地依旧严格，上线当天玩家大量涌入后，《宝可梦大师》在App Store美国区评分为3.3。国内克服网络不利条件的玩家，也在TapTap上给这款新作打了6.6分。
目前来看，海外玩家不满主要集中于网络报错、无法运行等实际问题，中国玩家因为本身对网络问题有一定心理预期，因此抱怨反而更加集中在训练师丰富度、实装语音过简等具体细节问题上。